Polen alerjisinde korunma önlemleri dışında ilaç tedavisi de mümkündür. Çoğunlukla saman nezlesi, konjonktivit rinit veya alerjik rinit şeklinde ortaya çıkan bu alerjik reaksiyonlar için hem göz hem de burundan ilaç alınabilir. Bu ilaçlar ağızdan alınan antihistaminik ilaçlar ve burundan kullanılan spreyler şeklindedir.

Eğer astım şeklinde bir reaksiyon ortaya çıkmışsa, bunu baskılamak için yine antihistaminik ilaçlardan yararlanılır. Bu hastalarda ayrıca inhalasyon tedavisi denilen sprey, yani toz şeklinde olan ve kortizon içeren ilaçlar da kullanılır.

Polen alerjisi olan kişilere bir de aşı tedavisi uygulanabilir. Bu tedavide kişinin yaşı küçüldükçe tedavinin başarı şansı artar. 4 yaşın üstündeki hastalara uygulanır. Uygun hasta seçimi yapıldığında, bu tedavi yüzde 60-70’lere varan oranlarda başarı sağlar.
Bu tedavilerle hastalığın tümüyle ortadan kalkması değil, ilaç ihtiyacının azaltılması hedeflenir.