Geç boşalmanın psikolojik nedenlerinin yanı sıra organik nedenleri de vardır. Bu nedenler arasında en sık rastlananı ise ilaçlardır. En çok da, başta antidepresanlar olmak üzere psikiyatride kullanılan ilaçlar sorun yaratabilmektedir. Serotonin üzerinden etki eden ilaçlar, boşalma süresini uzatır. Hatta bazen erken boşalma sorunu yaşayan erkeklerde bu bir tedavi olarak da kullanılabilir. Ancak doğru ve önerilen bir yöntem değildir. Serotonin üzerinden etki eden ilaçların boşalma süresini uzattığı kesinleşmiş bir olgudur. Boşalma sorunu yaşamayan bir erkekte bile boşalma süresini uzatabildiği gibi, bazen hiç boşalamamaya kadar götürebilmektedir. Çeşitli nöroleptikler de geç boşalmaya neden olan ilaçlar arasındadır. En sık diyabet olmak üzere çeşitli hastalıklar da geç boşalmaya neden olur. Diyabet özellikle damarları çok fazla etkileyen bir hastalıktır. Erkekte sertleşme ve geç boşalma gibi birçok cinsel işlev bozukluğuna yol açabilmektedir. Özellikle cinsel bölgeye yani genital bölgeye alınan çeşitli travmalar, ameliyatlar, prostatla ilgili ameliyatlar ya da prostatla ilgili hastalıklar da geç boşalmaya neden olmaktadır.