Ağrılı cinsel ilişki, en başta ve en sık olarak vajinadaki bir takım enfeksiyonların, mantar, paraziter veya mikrobik bazı rahatsızlıklar gibi hastalıkların ilk belirtisi olabilir. Ayrıca karın içinde, daha derinde ağrı oluşturan endometriozisin, yumurtalık kisti veya rahimde bulunan bazı urların, tümörlerin de ilk belirtisi olabilir. Ağrılı cinsel ilişki, özellikle endometriozis şeklinde adlandırılan rahatsızlığın belirtilerinden biridir. Bu rahatsızlıkta, normal koşullarda rahim içindeki endometrium denilen en iç tabakada bulunan hücreler, karın boşluğu içinde, rahmin dış kısmında veya yumurtalıklarda olabilir. Hastalığın teşhisi için muayene kadar ultrasonografi ve laparoskopi gibi yardımcı bir takım yöntemlere de başvurmak gerekebilir.