Akupunktur yöntemi, etkilere ve mekanizması açısından uzun bir dönem tartışılmıştır. Fakat son yıllarda yapılan çalışmalar gösterdi ki, ağrıyla ilgili çok somut bir etkisi vardır. Dolayısıyla bugün akupunktur ile ilgili en az tartışılan konu, ağrıya etkisidir.
Akupunktur, vücudun doğal ağrı kesicilerini salgılatarak ağrıyı dindirir. Bu nedenle, baş ağrısı olan hastalar için akupunktur bir seçenektir.